天京事变爆发后，作为多股太平天国的势力都没有对韦昌辉的弟弟韦俊清算，无论是洪秀全还是石达开都对韦俊既忌惮又担忧，忌惮的是怕他率军入天京为兄长报仇，担忧的是他如果投降清军，太平天国的侧翼完全暴露在胡林翼的兵锋之下，顺江东下，天京不保。
此时的韦俊更是进退两难，重要的是武昌吃紧，清军已经包围武昌很久，屡次受挫，胡林翼屡次招降韦俊都被拒绝。
韦俊在受到清军压迫，太平天国众王的猜忌下，还是力守武昌，血战数月，打退了清军的进攻，确保了太平天国在湖北的控制权。但是，他并没有得到洪秀全的信任，没过多久，他就被调往安徽、江西等地。
韦俊在内外交困的局面下守住了湖北，却在江西受到了更大的猜疑，洪秀全和杨辅清（杨秀清的弟弟）对韦俊更是严加防范和苛责，韦俊在太平天国军中最好的盟友李秀成又不接纳韦俊的依附。
