在崇祯皇帝杀袁崇焕的罪状中，有一个罪状是"擅杀皮岛总兵毛文龙"，这一条罪状也是最为重要的一条罪状。后世史学家也认为，袁崇焕此举是非常不明智的。
毛文龙是自己的合作伙伴，袁崇焕将其杀死，就是自断臂膀。此外，杀死毛文龙，会引起崇祯皇帝的疑虑。
至于说毛文龙是袁崇焕的合作伙伴，是因为毛文龙驻守皮岛，他可以联合朝鲜，共同抗击后金，这可以减少袁崇焕的压力。
而且毛文龙还可以牵制后金的南下，所以，毛文龙的作用是很大的，虽然他平时干过一些贪赃枉法的事情，可是罪不至死。
另外，崇祯的疑虑主要在于，因为毛文龙被杀，直接导致的后果是，孔有德、耿仲明还有尚可喜叛乱造反。
