一年之后赵良栋迎来叛军的激烈抵抗，当时叛军沿江列阵，而赵良栋从白水坝进军，很不巧江水涨潮，叛军趁机乱箭齐发，危急时刻赵良栋大喊全军不能随意出动，跟随自己指挥，若有后退的人格杀勿论，随后在赵良栋的指挥下，全军上下有条不紊的渡河，即便被敌人射杀数十人也没有出现溃散。
等到赵良栋领兵冲到对岸之后，敌军纷纷后撤，清军势如破竹，逼得叛军首领张文德投降，顺利收复成都，此时距离出兵之日不足十天而已，前方战况传回朝廷之后，康熙大喜任命赵良栋为兵部尚书，赵良栋推辞不受，不过康熙执意要封赏，最后朝廷在宁夏设置总兵由赵良栋儿子统领，自己则继续率领兵马征讨云南。
赵良栋率领大军先后拿下象岭、建昌、永宁等地，然而叛军反扑凶猛，没多久再度拿下永宁，赵良栋只好率领八千多人前去救援，在满清昼夜不停地攻击下，叛军支撑不住只能再次弃城逃走，1681年，赵良栋攻下雅州，进军昆明，战况异常激烈，叛军退无可退，在吴世璠的统领下固守昆明与清军对峙。
