然而清朝对汉地的汉地的统治还不是十分巩固。清朝采取了"以汉治汉"的政策，分封吴三桂为平西王，掌管西南三省地区；尚可喜为平南王，掌管广东省；耿精忠为靖南王，掌管福建省。1673年三大诸侯联合造反，史称"三藩之乱"。这场叛乱直到1681年才被康熙帝平定。从此有组织的反清复明势力已经不存在，清朝在汉地地区的统治已经稳定了下来。
为了彻底消除反清势力，1683年康熙以施琅为福建水师提督，出兵攻台，在澎湖水战中击败台湾军队，郑氏政权投降。此后康熙在台湾设立台湾府。这种中国的中央王朝首次将台湾本岛纳入统治范围并首次设立管辖机构，从此台湾成为了中国不可分割的一部分。在清朝之前，大陆的中央王朝最多能够管辖到澎湖列岛一带，清朝是一次大的突破。台湾统一后，汉地地区已经全部统一，清朝的面积已经到达了670万平方公里左右。
