在内政方面，蒙哥也推出了一系列改革措施。蒙哥继位后首先便实行了与明朝时期建文帝所实行的削藩计划一样的削宗计划，他不仅将宗王的许多特权取消，还将地方的总控制权收到了中央手里，加大了自己对地方管辖的力度，并严禁士兵在征战过程中破坏城池。
成吉思汗的孙辈之中，论优秀程度能与蒙哥不相上下者当属拔都。拔都是术赤（成吉思汗长子）之子、金帐汗国的创建者。而拔都在长子西征中立下了赫赫战功，因此极有威望，众多蒙古贵族都支持他继任大汗之位，但是拔都拒绝了，他深知蒙哥的治国能力比自己强很多，便大力支持蒙哥继位，可见拔都是真心希望蒙古帝国越发的强大。
