明朝在西部地区的边界是哈密卫(故元残余势力臣服于明朝),疆域延伸到了新疆,不过哈密卫只是羁縻卫所,明朝没有在此驻军和派驻官员实施有效管理,所以后来此地也和瓦剌纠缠不休。
嘉靖七年(1528年)后,嘉峪关以西皆为吐鲁番所据