当时蒙古名义上的大汗是脱脱不花，他不愿意立也先姐姐和自己生的孩子为太子。双方展开对攻，后脱脱不花的弟弟投靠也先，脱脱不花被击败后逃亡，于景泰三年（1452年）被杀。也先建立了瓦剌帝国，非常短暂，到景泰六年（1455年），也先被自己的部将杀死，瓦剌帝国很快瓦解。
固始汗归附清朝
崇祯八年（1635年），卫拉特盟主固始汗派遣使者归附后金政权。当时卫拉特蒙古各部遭受来自喀尔喀蒙古（喀尔喀蒙古认为卫喇特蒙古部不是真正蒙古族）和沙俄两线进攻压力，因此采取远交近攻策略。顺治三年（1646年），固始汗率领卫喇特各部再次上表清政府，表示归附，喀尔喀蒙古也很快归附清朝。
噶尔丹和准噶尔汗国
噶尔丹是卫喇特蒙古准格尔部人，是也先的后裔。康熙九年（1670年），噶尔丹的哥哥被杀，他在西藏返回击败政敌，出任部落珲台吉（部落首领）。他积极对外扩张，先后击败和硕特部、叶尔羌汗国、哈萨克等地政权，统一了西域，建立准格尔汗国。康熙二十七年（1688年），噶尔丹进攻喀尔喀蒙古部，导致喀尔喀蒙古部落内迁，威逼清政府的首都北京。
