长孙无忌不仅严格审理了此案，并且还陷害李世民的三儿子吴王李恪。孙无忌各方搜集“证据”，打算从重判决，经过唐高宗李治的批准，三位驸马房遗爱、薛万彻、柴令武被斩首示众。《资治通鉴》云：
诏遗爱、万彻、令武皆斩，元景、恪、高陽、巴陵公主并赐自尽。
另外，李元景、李恪、高阳公主、巴陵公主四位皇家子女被赐自尽。另外，三位驸马的家人悉数收到连累，例如，房遗爱的哥哥房遗直因此案被流放岭表，柴令武的兄长也被流放岭南，其余沾亲带故者皆被株连。
其实，“房遗爱谋逆案”的主谋仍然是房遗爱、高阳公主，其他人仅仅是参与，吴王李恪甚至根本不知情，这个判决还是过重。
例如，武德九年，李世民发动“玄武门之变”后，诛杀了李建成和李元吉，在魏征等人的劝谏下，李世民下令赦免了其余从犯。贞观十七年，“李承乾谋逆案”爆发后，李世民贬李承乾为庶人，杀掉了侯君集，其余众人并没有被诛杀。既然前两桩谋逆案都没有大肆株连，面对“房遗爱谋逆案”，唐高宗和长孙无忌为何要大开杀戒呢？而且还诬陷了吴王李恪？唐高宗为何如此决绝呢？
实际上，唐高宗之所以指定长孙无忌来审理此案，就已经注定了这个结局。
