但因王府长史葛诚背着他密奏朝廷"燕王装病"。朱棣装疯行为被皇帝发觉。 朝廷下密旨，令张昺、谢贵逮捕燕王府的官属，张信逮捕燕王本人。但张信与其母亲讨论之后，将此事告知朱棣。 于是朱棣和姚广孝等经过一番策划，决定立刻动手。令张玉、朱能将八百勇士带入府中潜伏，以待变故。
张昺、谢贵得到朱允炆密诏后，于明建文元年（公元1399年）七月初四带兵包围了燕王府。朱棣假意将官属全部捆缚，请二人进府查验。二人进府后，朱棣派出府内死士将其擒获，并连同燕王府内的卧底葛诚、卢振一同处决 。当日夜里，朱棣攻下北平九门，从此完全控制了北平城。
朱元璋还在位的时候，就已经借口防止权臣专权谋私，规定藩王有移文中央索取奸臣和举兵清君侧的权利，他在《皇明祖训》中订下这样的条例："朝无正臣，内有奸逆，诸藩王应举兵诛讨，以清君侧。"
其实众所周知，朱元璋非常长寿。大明王朝建国之后的几十年，真正有能力篡夺皇权的名臣大将大多数已经终老病故，剩下不多的几位，也在朱元璋去世之前已经被他自己全部铲除干净了。所以现此时看起来这一条就像是专门为方便朱棣而设立的。
朱棣果然以此为理由，指责齐泰、黄子澄为奸臣，须加诛讨，自己应该尊 照《皇明祖训》的规定--清君侧！ 并称自己的举动为"靖难"，即靖清国难之意。因此，历史上也称这场朱明皇室内部的最高权力争夺战为"靖难之役"。
朱棣刚起兵时，燕军只据北平一隅之地，势小力弱，朝廷则在各方面都占压倒性优势。所以战争初期，朝廷想以优势兵力，分进合击，将燕军围歼于北平。
