跟兵部以科举选中的人才不同，五军都督府的人选，都是那些功臣宿将。这个做法，有利有弊。功臣宿将大多亲身参与战争，对战争肯定更为熟悉。但是弊端也很明显，就是后继乏人。
不过，在朱元璋后期，明朝兵权曾短暂过渡到各地藩王手中。但是，在建文帝朱允炆登基后，又着手削藩，打压武将地位，提高六部尚书的品级。
到了永乐皇帝时期，五军都督府虽然地位很高，但实权已经开始归到兵部手里。五军都督府的很多职权都被不断裁撤，而兵部的权力是在不断上升的。
兵部掌握的职权，包括皇帝、皇后、皇太后出行时车驾排列，礼仪排场，以及宫廷守卫。京城军队的操练，以及其他大小军政，都归兵部掌管。
