1877年8月，左宗棠大军一路向西挺进，依次收复了南疆东四城。见状，西四城之敌自乱阵脚，相互攻杀。12月，刘锦棠继续进军，先后收复喀什噶尔、叶尔羌和英吉沙尔，阿古柏的长子胡里与白彦虎逃往俄国。
1878年1月，西征军攻克和田，西四城完全收复。 至此，这场由英俄支持的阿古柏之乱终告平息。仅一年多时间，左宗棠的西征军就收复了除伊犁外的新疆领土。
清廷大喜过望，嘉其功，诏封二等恪靖侯。左宗棠声名远扬，新疆各地大小村镇纷纷建立“左公祠”，民众到此烧香礼拜，络绎不绝。
伊利谈判
当年，趁阿古柏侵占新疆之机，沙俄悍然出兵侵占伊犁，蛮横地宣布“伊犁永远归俄国管辖”。但是，因克里米亚战争造成的元气大衰，外厉内荏的沙俄不得不在照会清朝总理各国事务衙门时说些外交辞令，称“只因回乱未靖，代为收复伊犁，待关内外肃清，乌鲁木齐、 玛纳斯各城克服之后，当即交还”。
沙俄显然不相信清军有实力平定叛乱，收复城池，岂料左宗棠果真收复了乌鲁木齐、玛纳斯等城。于是，被落了口实的沙俄不得不答应通过外交途径和平解决伊犁问题。
1878年（光绪四年），左宗棠数次上书朝廷收复伊犁，同时与俄国交涉，但无果。清廷派遣崇厚为全权大臣出使俄国进行谈判，1879年（光绪五年），在沙俄的威逼下，崇厚签订《里瓦几亚条约》，以丧失大片领土和赔款500万卢布为代价“收回”了九座空城。
消息传到国内，舆论大哗，左宗棠怒斥崇厚的卖国行径，指出“武事不竞之秋，有割地求和者矣，此可为叹息痛恨者矣！”左宗棠还指出，《崇约》未经清廷批准，对中国不生效力，可以推翻。
