张之万见状，内心冷笑了几声，然后，大笔一挥，将张文祥判为了太平天国的奸细。而张文祥之所以行凶杀人，完全是为了报清军攻破南京城的仇。他闭口不谈湘军，将此案定义为了太平军残余势力的反扑，真是聪明绝顶。写好判决后，张之万建议朝廷将张文祥凌迟处死，以儆效尤。
慈禧太后接到张之万的报告后，对这一结果仍然不甚满意。马新贻是自己心腹中的心腹，这是朝野皆知的事情。如果这件事没有处理好的话，今后谁还敢为自己办事？退一步说，就算真的找不出幕后的指使者，自己也必须尽心尽力地对待这个案子。
想到这里，她马上命张之万离开南京，改让刑部尚书郑敦谨等人全权负责这件案子。而且，为了向朝野上下表明自己对马新贻的高度重视，慈禧太后甚至将最后的决断权交给了直隶总督曾国藩。以直隶总督的身份来审两江总督的案子，曾国藩肩上的压力可想而知。最主要的是，湘军还是曾国藩一手带出来的。如果，这件事没有处理好的话，他将会威严扫地。
曾国藩思前想后，然后，与郑敦谨在南京四处奔走，忙活了半年，最后，给出了“太平军残余势力反扑朝廷”的结论。这一结论与张之万的判决所差无几，只是两人在最后又加上了“用张文祥的心来祭奠马总督”的建议。将犯人凌迟处死还不够，还要把犯人的心剜出来。可能，曾国藩和郑敦谨别无他法，只有从张文祥身上下手，以此来给朝廷一个交代吧。
据说，慈禧太后接到曾国藩的奏疏后沉默良久，最终，还是同意了这一结论。张文祥被凌迟后，慈禧太后特意将马新贻追谥为“端敏”，而且，在南京一带为马新贻建了很多祠堂。
