马总督死的时候，太平军早就败在了曾国藩所率领的湘军手上，南京城也被清政府收复了。按理来说，魁玉身为朝廷命官，完全没有必要忌惮灰飞烟灭的太平天国。
那么，魁玉为何对太平天国如此忌讳呢？
事情还要从清王朝的湘军说起。
湘军虽然是属于清廷的军事力量，但只是一支地方性质的武装力量。咸丰三年（1853年），曾国藩在朝廷的授意下创建湘军的时候，湘军的总数还不到两万。开始，湘军的战斗力很弱，只能在太平军的进攻中且战且退。后来，曾国藩带领湘军南征北战，争斗多年，这才慢慢扩充到了十万多人。
同治三年（1864年），曾国藩的弟弟曾国荃率领湘军攻破了南京，在灭亡了太平天国的同时，也打出了湘军的赫赫威名。自此，归曾氏家族管辖的湘军成为了清王朝赖以生存的屏障。而曾国藩和曾国荃兄弟也靠着湘军青云直上，曾国藩甚至成为了直隶总督，亲信门生遍布江南一带。
看到曾国藩在江南的影响力越来越大，慈禧太后不由地感到忧虑。在她看来，曾国藩既有才干，又有军权，身边还有众多忠心耿耿的部下，这种人无疑是一个潜在的威胁。而且，有件事更令慈禧太后如鲠在喉，那就是：太平军覆灭后，太平天国金银财宝的去向问题。
太平天国从广西崛起，然后，以星火燎原之势迅速占领了南方重镇。咸丰三年（1853年），洪秀全带领太平军攻入南京，开始和清王朝分庭抗礼。南方自古便是富庶之地，太平军在南方纵横十几年，积攒了数不清的金银财宝。进入南京后，太平天国的诸王又把很多财物带到了自己的府邸中。
因此，湘军攻入南京后，定然是收获颇丰。得知收复南京的消息后，慈禧太后大喜过望。这下，朝廷的国库终于不再空虚了。她连下数道命令，催促曾国藩兄弟报告南京财物的缴获情况。但是，曾国藩报告说，自己并没有找到太多的财宝。至于传说中金雕玉刻的洪秀全天王府，曾国藩给出的解释是天王府被一场大火烧成了灰烬。这样一来，湘军上交给朝廷的财物就远远小于慈禧太后的预期。
消息传来，慈禧太后怒不可遏。在她看来，太平军的财物价值连城，此事决不能就这样算了。慈禧太后知道这其中必有猫腻，于是，便派了很多探子前去南京调查。探子回来后，对慈禧太后说，湘军的很多将领都在南京城中发了大财。战争结束后，曾国荃等人回到家乡买田买宅子，忙的是不亦乐乎。虽然，慈禧太后知道探子的回话有实有虚，但她对湘军和曾氏家族更怀疑了。
况且，太平军覆灭后，湘军仍然在吃朝廷的粮食，这是一个非常棘手的问题。慈禧太后是一个老练的政治家，她先对曾国藩的功劳赞不绝口，然后，以朝廷重用为名，将曾国藩调离了南京。曾国藩刚刚离开，她就赶忙让资历尚浅的马新贻负责南京一带的各项事务。慈禧太后的用意不言自明，那就是：用马新贻制衡曾国藩。马总督上任后，湘军的众多将领都感觉情况不妙。
