但消费者有所不知的是，截至现在，市面上大多数益生菌都是以普通食品的资质存在，带有"蓝帽子"（获得保健品批文的保健食品）标签的益生菌少之又少。
并且,益生菌主要作用于肠胃。很多商家打出的所谓益生菌降血脂、改善类风湿、减肥抗抑郁、清除幽门螺杆菌等功效，几乎还处在探究阶段，就流入市场"捞金",吃相难看。
去年7月，首都医科大学校长饶毅的发文炮轰华大基因CEO尹烨，以及其旗下的益生菌品牌"优美达益畅"。饶毅直言"如果被证明有用，推销益生菌的任何企业就不会只是自己号称，而是拿出药监局批号，拿出严格试验的真实结果。"无疑给这个热门赛道，泼了盆冷水。
而当益生菌被推上风口浪尖后，更多问题接踵而来。
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代工泛滥鱼龙混杂，水深程度超乎想象
与产业的快速增长相比，益生菌的相关标准、法规的制定还相对滞后，这就给商家提供了很多操作空间。
益生菌想要发挥作用，必须达到有特定功能的菌株、有足够量的活菌到达肠胃、对人体产生明确的健康好处这三条基本要求。
尽管国内益生菌市场火热，但与国外相比，我国相关基础研究薄弱，缺乏核心技术，现已批准的益生菌品种也多为外资企业垄断。受限于技术，不少专业机构都无法对产品中含有的益生菌种类及活菌数量进行辨别，在此背景下，更加剧了国内益生菌市场的鱼龙混杂。
还有一个不为大众熟知的事实是，大部分益生菌品牌，包括跨界生产益生菌零食的一些品牌，其实并没有自己专门的生产基地，而是与代工厂合作。
而益生菌原料生产的每个环节都要求十分严格，除了温度、湿度以及无菌环境，不同的工艺、不同的产品配方、不同的生产环境和操作方式都会对益生菌的存活率产生重要影响。
此外，如果生产厂家水平不够，益生菌里混入了有害细菌，反而会危害身体。加上不同菌株的价格差异不小，比如鼠李糖乳杆菌HN001这些明星株菌的价格，就高于其他菌株，很多企业会为了高额利润选择低价原料。
在某采购平台上，提供益生菌产品代工生产的厂家报价极低。有《每日经济新闻》的记者联系了一家代工厂，据工作人员介绍，自己目前正在生产的一款益生菌代工产品，一盒为15袋(每袋2g)，代工成本价是12元左右，折合下来一袋约8毛钱，量大还可以优惠。
这名工作人员还表示，自己给出的代工价已是中高档产品，行业里还有很多能将价格做到1毛/袋的厂家，最大的特点就是"敢写、乱标、价格压得低"。
▲某益生菌产品代加工报价单
记者又找到另一家位于广东的代工厂，对方表示，自己手上有一批同仁堂的现货，并建议记者直接拿这批货。当记者想了解这批品牌标注为同仁堂的益生菌产品利润能达到多少时，这名工作人员称，拿货价20元/盒，终端零售价格至少在100元/盒，里面的利润程度，可想而知。
最重要的是，绝大多数益生菌无法在常温条件下长期保存活力，我国南北温差最高达到70℃左右，经过温度和环境不断变化下的运输、存储和销售，益生菌的活力和功效往往很难得到保证。
