然而明宪宗时代，万贵妃盛宠无匹，而万贵妃如同当年汉朝的赵飞燕"燕啄皇孙"一般，极有嫉妒之心，当时宫中但凡有身孕的女子、被宪宗所爱的女子，都可能受到万贵妃的残害，纪妃当然也不会例外。纪妃得宠幸之后就有了身孕，而得知此事的万贵妃大怒，派人送去了打胎药，不过派去的宫女称纪妃并不是有孕，而是有病，使得纪妃躲过一劫，生下了朱祐樘。
而万贵妃依旧不肯罢休，派内监去溺毙朱祐樘，结果内监张敏暗中藏起了朱祐樘，并且偷偷抚养，加上宪宗废后吴皇后的庇护，使得朱佑樘活了下来。
打从娘胎开始，朱祐樘的悲催就开始了，因为万贵妃的缘故，纪妃怀孕期间受尽辛苦，而朱佑樘少时也是饱一顿饥一顿，这么艰难地活了下来，可也因为这个原因，朱佑樘的身体非常差，成年后也时常生病。勤于政务心力交瘁
年少时期过得相当辛苦的朱佑樘，在做了皇帝之后，其实也非常辛苦，明太祖时期废除丞相直辖六部之后，皇帝的工作量猛增，即便是有了内阁这个顾问机构，工作仍旧不轻松，尤其是明宪宗留给明孝宗的，是一个朝纲紊乱千疮百孔的江山。
虽然孝宗体弱多病，但他依旧非常勤勉，不仅每天的早朝必到，而且还恢复了停止多年的午朝制度与经筵侍讲，此外，孝宗又开辟文华殿议政制度。
