王敦起兵最终目的是要取司马氏而代之。废掉太子是他实现这一目的重要一步。王敦曾召集百官，当着众人，声色俱厉逼问大臣温峤，欲迫使温峤对太子品行有所否定。但温峤不为王敦淫威所动，从容答对，力陈太子"至孝"品行。众人皆以为信然，挫败了王敦企图动摇晋室"根本"的阴谋。
郗鉴撤出邹山南屯合肥不久便渡江。王敦兵进建康后引起了东晋一系列矛盾的变化。王敦专权，其党皆至大官，引起了其他受排挤士族的不满；他诛杀异己，连一些没介入王、马之争的江东士族也成刀下之鬼，更引起江东士族的不满。其时，势力单薄的江东士族要摆脱受制于王敦的困境，只有和其他反王敦的势力结合起来。他们看到郗鉴将是一个有力的合作者。江东士族尚书右仆射纪瞻以郗鉴"雅望清德，宜从容台阁，上疏请征之；乃征拜尚书"（《资治通鉴》卷九二永昌元年条）。
郗鉴过江后不久，即永昌元年十一月，司马睿在忧愤中死去。太子司马绍继位，是为明帝。东晋帝王中，只有明帝能有作为。他看到郗鉴过江后朝廷中正在出现一个南北士族联合反对王敦的政治形势，看到郗鉴、温峤、纪瞻等人是他联系反对王敦势力的重要人物，对他们特别予以重视。随着王敦与明帝对垒的形势越来越分明，支持明帝的人渐渐多了起来。
在郗鉴之后又有王导、王舒、温峤、应詹等与明帝谋讨王敦。由于得到这些士族的赞同，明帝才下决心先出兵讨伐，最终平定王敦之乱。王敦之乱持续了一年多，虽然最终被平定，但造成的影响非常大，它直接葬送了祖逖艰难创造的北伐大好形势，实在令人唏嘘。
