张居正在的时候，权倾朝野，辽东军事集团无法打压南兵，等到张居正被清算，戚继光被打压，南兵就成了"孤儿"，任人打压了。
蓟州兵变的南兵主要是参与了平定朝鲜倭寇的南兵，他们在朝鲜战场上身先士卒，取得头功。按照朝廷的许诺，出征外国的士兵可以获得双倍赏钱，取得头功的部队则可以获得朝廷的赏金。
可是当南兵打完仗后，却发现不仅赏金没有拿到，连双倍军饷也没有下发。这是明军已经实行多年的惯例，如今南兵却享受不到，这显然是对南兵的歧视和打压。
蓟州兵变表面上是一起因为军饷而导致的兵变，实际上却是党争的延续和南北军的对立。从张居正被清算，戚继光被南调后又渐渐离职，以戚家军为核心的南兵就不可避免的遭到打压。可怜戚家军百战之师，就这样成为党争的牺牲品。
