朝廷宣布蓟州兵变的起因是士兵们由于不满粮饷，聚众兵变，然而这个说法存疑。
蓟州是戚继光在北方的重要据点，万历年间，戚继光于此地驻扎，经营多年，担任这里驻防的也基本上都是南兵。为了打造一条强大的防线，戚继光在蓟州的军队中装备了大量的火器装备。倾注如此多的心血，戚继光不可能对南兵缺饷。
南兵不满的，实际上是南兵和北兵的区别对待。
对于朝中反对张居正的官员们来说，戚家军和南兵就是张居正留下来的遗产之一。对于张居正的东西，反对派一向是不看对错，一律废除。所以，万历二十三年，张居正已经死了十几年，对于他的批斗正在如火如荼地展开，南兵在这个时候也就处于一个难堪的位置。
除此以外，辽东的军事集团对于南兵也十分不满。辽东的守卫一直是辽东的军事集团负责，到戚继光崛起以后，南兵竟然能作为"师范"移师辽东，并"染指"辽东事务，地位逐渐赶上甚至超过北兵，这是辽东军事集团不能接受的。
