因为他被诸葛亮看上了，此后的年中，诸葛亮对他那是屡次提拔。建安二十四年（219年），刘备当了汉中王，蒋琬便被调入中央担任尚书郎。建兴元年（223年）刘禅登基，作为被先帝托孤的丞相，诸葛亮此时那是独揽大权。开府治事后，立马找蒋琬为东曹掾，还计划让他为茂才。
蒋琬有些犹豫，推举刘邕、庞延等人，诸葛亮却不接受。对他再三勉励，又说：思惟背亲舍德，以殄百姓，众人既不隐於心，实又使远近不解其义，是以君宜显其功举，以明此选之清重也。意思是不应该为了避亲不用有德之人， 那样会令百姓遭受苦难，你应当尽力施展才能。
蒋琬只好不再推拒，后来又升为丞相参军，诸葛亮北伐的时候由他打理丞相府的一切事务。这些都可以看出，诸葛亮有多么信任蒋琬，时时放在身边教导。诸葛亮北伐的时候，全是他筹集粮食，组织运输、补充兵员。诸葛亮为此也很欣慰，先是说他应当跟我一起复兴汉室，接着又跟刘禅说：臣若不幸，后事宜以付琬。
