实际上，这个时候的南明已经十分混乱，隆武二年还发生了两帝并立的荒谬局面。在这一年的十一月，隆武朝大学士苏观生同广东布政使顾元镜、侍郎王应华等人拥立隆武帝的弟弟唐王朱聿鐭为监国。为了获得扶龙之功，他们还抢朱由榔一步称帝。
这个时候的朱由榔和他们的朝臣们突然又不害怕了，为了获得民心，与朱聿鐭分庭抗礼，他们带着朱由榔又重新回到了肇庆，并在朱聿鐭称帝后的十日宣布朱由榔即皇帝位。就这样，南明出现了两位皇帝，两个朝廷，两个政权。
更要命的是，就当清军步步紧逼的时候，这两个南明政权还内斗了起来。为了成为唯一的"正统"，朱聿鐭的邵武政权发兵进攻朱由榔的永历政权。清军见状，找到叛变的明朝将领，在他们的带领下伪装成明朝军队，不费吹灰之力地攻下了广州。绍武帝来不及逃跑，自杀殉国。南明重要的根据地广东就这样沦陷了。
朱由榔见势不妙，再次离开肇庆，逃亡广西梧州。此后就是清军一路进攻，永历皇帝一路南逃。从肇庆到梧州，再到桂林和全州，永历皇帝朱由榔逃得那叫一个狼狈。
