洪武十七年，与日本断交后，明朝又加强了军事防御， 除了住建防御设施以外，还加征了士兵专门负责防卫倭寇，明军还发现了倭寇"候顺风而进"的规律，按照这个规律，明军可以时刻调整海防系统。可以说当时的海外防御系统固若金汤，在这种积极主动的海防措施下，明朝前期的倭寇势力并没有得到壮大。
到了明朝中叶，随着土地兼并运动的发展，卫所的屯田也遭到了侵占，卫所的士兵也被豪强贵族强势占为家奴，士兵们不堪虐待，纷纷逃离卫所。据统计在明英宗正统三年逃亡的士兵达到了120多万，到了嘉靖时期，各卫所的平均士兵数由过去的5000人减少到1700多人。
并且这1700多人中大多都是老弱病残之辈，毫无战斗力，面对倭寇的袭击只能坐以待毙。士兵减少的同时卫所的配置也越来越差，军队的军粮时常拖欠，战舰由于缺少保养修理，数量也在不断减少。在这种缺员严重，士兵战斗力极差，军械配置低的情况下，倭寇势力越发猖獗。
到了明朝后期，除了东南沿海地区以外，北方边境也不太平，残存的元朝势力常常南下扰乱北部边境地区，
政府将精锐部队调往了长城一带以及京师地区，这导致东南地区的海防力量进一步被削弱。可以说当时的大明王朝处于一种自顾不暇，岌岌可危的状态当中。
