到了南明弘光元年（1645年）七月，以与显皇帝庙号复，改朱允炆庙号为惠宗，谥号为嗣天章道诚懿渊功观文扬武克仁笃孝让皇帝，后世称为明惠宗，到了清朝乾隆元年，上谥号为恭闵惠皇帝，简称惠帝。
有意思的是，朱棣攻下南京之后，假惺惺地拒绝了手下人反复劝进之后，于1402年7月17日即皇帝位，朱棣明确表示，他不是继承朱允炆的帝位，而是继承明太祖朱元璋的帝位，朱棣宣布废除建文年号，建文四年改称洪武三十五年。
也就是说，朱棣不承认朱允炆的皇帝身份。
朱棣即位后，大肆屠杀忠于建文帝的大臣，比如杀了齐泰、黄子澄、方孝孺等人，并将他们灭族，所杀人数成千上万。
