这些宗室人员受到郑氏父子的礼遇，在台湾度过了比较平稳的几十年。
不过，在康熙二十二年，施琅率军攻破台湾之后，郑氏政权投降清朝，所以，住在这里的明朝宗室随之被俘，被迫向清朝称臣，接受满清统治。
据说，施琅登上台湾岛之后，立刻派兵收缴所有皇族宗室遗民的谱牒印信。台湾收归清朝之后，清王朝至此完成了天下一统，在大局稳固的情况下，清王朝并没有再采取最初的屠杀政策，为了显示当权者的宽仁，康熙留下了这批明朝宗室遗民。
之后，清廷强迫这批人搬迁至大陆，并将其安置在山东，河南等郡县。于是，这部分宗室后裔得以传承下来。
