朱元璋在造反的过程之中，知道白莲教对自己的帮助是非常大的，同时这一点也让朱元璋比其他任何人都知道，白莲教究竟有多么的可怕，为了巩固自己的统治，朱元璋同样下令解除白莲教，他的手段是非常凶狠的，比其他的皇帝都可恶的多。
白莲教并没有因为朱元璋的政权而消亡，同时又吸收其他的教派，一直举行着起义的活动，清朝建立之后，他的政治是比较清明的，百姓的日子也过得比较好，白莲教的存在感也就慢慢变低了，到了乾隆后期的时候，川陕大旱导致人口大量流失，白莲教趁着这个机会吸引了许多人百姓。
在嘉庆年间爆发了一场几乎席卷全国大规模的起义，用了九年的时间，清朝才慢慢平息了这场动乱，这场战争之后，清朝也开始走向衰落，也是白莲教元气大伤，难以恢复往日的规模，分裂成许多小的宗教，规模也不如原来厉害了，随着义和团被镇压，流传近千年的白连教慢慢消亡，在民国初年的时候彻底消失。
