在这一阶段的斗争中，刘裕与刘毅亲密合作，配合默契，惺惺相惜，结下深厚情谊。
桓玄西逃后，刘裕派刘毅继续西进，追歼桓玄残余势力。在湖北江陵，刘毅与桓玄几经争夺，终于击败桓玄。并且，刘毅找到了被桓玄废掉的晋安帝，帮晋安帝复位。
公元405年，晋安帝回到东晋都城建康。406年，晋安帝对刘裕与刘毅进行封赏，由于晋安帝对刘裕的封赏大于对刘毅的封赏，引起了刘毅的不满。
（萧綦，即刘裕）
刘毅争权，刘裕忍让
晋安帝复位后，刘裕凭着威望执掌了朝政大权，又兼任扬州、徐州、兖州三州刺史，比刘毅的"南平郡开国公，兼都督宣城军事"大了许多。 刘毅心中不服，但他此时并未黑化，只是想通过军功提高地位。
不久，梁州刺史刘稚作乱，刘毅派兵平乱成功，并因此功进封卫将军、开府仪同三司。
公元410年，大海盗卢循作乱，刘毅又要抢功，立即备船，准备南征。刘裕作为兄弟，看在眼里，急在心里，因为卢循很有谋略，不好对付。而刘毅争功心切，很容易冒险出击。于是刘裕写信劝刘毅，说我准备得充分一些，不如我去打头阵，你来掩杀。
刘毅认为这是看不起他，大怒，不听劝阻，率水师二万在桑落洲与卢循军交战，结果大败。军队死伤无数，只剩数百人生还。刘毅因为桑落洲之战，在军中威望扫地。
刘毅被迫自降官职，可刘裕没有怪刘毅，让他官复原职。
