这样没有约束的管理模式是很容易就会造成地方不听中央的指挥，所以在噶尔丹之乱后，又相继爆发了策妄阿拉布坦和阿睦尔撒纳之乱，清政府好不容易把蒙古部落的暴乱平息下去之后，又爆发了大小和卓之乱。当时的乾隆皇帝也看到新疆一带屡次爆发动乱，觉得以当地部落自治的形式管理新疆是不行的，于是就在平定大小和卓之乱后就采取了驻边屯兵，以维护新疆一带的和平稳定。所以就在1762年，设立了伊犁将军，明瑞就任第一任将军，为政府在新疆的最高军政官员。
2.伊犁的地理位置，土地肥沃。中亚位于欧亚大陆腹地的中心，而新疆西部刚好位于中亚的几何中心，也是伊犁一带。因此这个地方也汇集了来自北面南面和西面气流，再往东由于高山的阻隔气流也被阻挡了。
所以这个地方降雨量丰富，土地肥沃，这就是富饶的伊犁河谷。所以当时清军在平定噶尔部叛乱及大小和卓叛乱的时候发现这块地方非常适宜屯兵，因为有降雨，有土地就可以进行农耕，吃的问题能解决了屯兵就容易得多了。
要不然指望甘肃往新疆调运粮草，几千里的道路有沙漠、雪山、草地光人走过去就很费劲，还得防备半路被打劫，成本太大。所以说这个伊犁河谷非常重要，只要能控制这块地方，就能控制天山南北整个新疆。伊犁河谷的范围非常大的，东起伊宁，西至阿拉木图，北至巴尔喀什湖，南至天山。因此，乾隆在这里建立了以惠远为中心的伊犁九城（其余八城分别为惠宁、绥定、广仁、宁远、瞻德、拱宸、熙春、塔尔奇）。自此新疆地区开始稳定下来，一直到清末。
