第一个对魏忠贤发起攻击的就是东厂的杨所修。在魏忠贤的操作下，杨所修升任副左都御史，后又被调往南京任通政使。从品级上来看，这并不是被贬，但南京的地位不如京城，大多都是清闲职位，油水比较少。因此，杨所修便开始记恨魏忠贤。崇祯刚继位，杨所修便察觉到魏忠贤行将就木，于是开始弹劾东厂大将崔呈秀等人，说他不忠不仁不义不孝。杨所修与同党密谋，试图将所有罪名推到崔呈秀身上，以此洗刷自己的罪名。
此后，弹劾魏忠贤及其党羽的奏折连绵不绝。崇祯看后，依旧没有表明态度，也没有采取行动，只是轻描淡写地说出一句"朕心自有独断"。
魏忠贤也感到大事不妙，便主动向皇帝辞职，但崇祯只允许他辞去爵位，并未解除他东厂的职位。魏忠贤的养子魏良卿由宁国公降为指挥使，其侄魏良冻由东安侯降为指挥同知……对魏忠贤而言，这是明显的削弱。
崇祯没有对魏忠贤"一步到位"，而是用"剥洋葱"的手段，主要是因为此时的魏忠贤依旧有很大的能量，万一狗急跳墙反水了，还是可以折腾出乱子。
