东察合台汗国在明朝中后期分裂为叶尔羌汗国和吐鲁番汗国两个政权，这个两个国家互相敌视，征伐不断，各自实力都被严重削弱。
而就在这一时期，原本居住在蒙古高原北部以及西伯利亚南部的瓦剌人开始进入西域，对叶尔羌汗国和吐鲁番汗国都形成了巨大压力。
（明末西域局势）
PS：瓦剌人是明朝人的称呼，清朝称之为厄鲁特人，也就是漠西蒙古。
瓦剌人是一个部落联盟，主要由五个大部落组成，其中准噶尔部在西迁之后逐渐成长为最强大的部落。后来准噶尔部诞生了一位雄主，就是噶尔丹。
在噶尔丹的带领下，准噶尔部灭掉了叶尔羌汗国和吐鲁番汗国，西域便被准噶尔部控制，而此时已是清朝康熙时期了，明朝早已灭亡。
