但由于清军迅速南下，围攻扬州，扬州城池破，清军屠城，不久南京陷落，弘光帝被俘。1645年闰六月，唐王朱聿键在郑芝龙等人的拥立下，于福州称帝，改元隆武。
隆武帝在大臣黄道周的主持下发动了短暂的北伐，同时还采取联寇抗清政策，但随着郑芝龙降清，局势恶化，隆武帝被俘后绝食而亡，清军迅速占领东南大部。
在情况危急之下，张献忠领导的农民起义军余部与明朝官僚联合起来，在西南地区拥护桂王朱由榔为帝，改元永历。与此同时，郑成功在东南沿海也乘势崛起，东西两面打击清军。但随着三王的内讧以及清军的进攻，1661年吴三桂率清军入缅，缅王莽白将永历帝执送清军。次年四月，永历帝与太子朱慈煊在昆明被吴三桂所弑，明统始亡。
