后来，两人因为政见不同，各自的命运和共同的友谊都经受了考验，在时代党争的风浪中沉浮。
宋神宗熙宁、元丰时期，变法派得势，苏轼遭外放、贬谪，而章惇出将入相，仕途相对顺遂。
这一时期，"乌台诗案"爆发，许多人见到苏轼跟见了瘟神一样，避之唯恐不及。苏轼也很"识相"，主动切断了与他人的来往，"虽骨肉至亲, 未肯有一字往来"。
但章惇的表现，绝对对得起他们的友谊。他不仅不畏闲言冷语，写信抚慰苏轼，还给予苏轼诸多帮助，解其困急。
宰相王珪多次拿苏轼诗中的"蛰龙"二字出来，挑唆宋神宗治苏轼"不臣"之罪。章惇据理力争，指责王珪："你是想使别人整个家族倾覆吗？"王珪辩称："我不过是转述舒亶的话罢了。"章惇讥讽："舒亶的唾沫你也吃？"
