王世充很欣赏秦琼，在军中给了秦琼大官，封为龙骧大将军。当时秦琼很是感动，发誓这辈子誓死效忠王世充。当时程咬金也投降了王世充，也被封为大将，他也受到了很好的待遇，两人都非常高兴，认为被明君赏识。
王世充手中握有兵马，权倾朝野，羽翼丰满的他自然想着废除皇帝，自己称王。但是他的属下可不是这么想的，裴仁基虽然被招安了两次，但是他非常忠心于隋朝。他多次阻止王世充，告他不要轻举妄动，结果被王世充否定，于是准备密谋杀死王世充。
可是事与愿违，裴仁基因刺杀失败反而被杀，王世充非常震怒。作为和他关系好的秦琼，自然受到了王世充的猜疑。王世充明面上不说，因为他想自立为王需要秦琼这样的帮手。于是找了个借口，将秦琼的妻儿接到一处指定的位置，说是要保护好秦琼的家眷。
后来王世充谋反，废掉了皇泰主，让秦琼和程咬金大失所望。认为自己跟了这样的人，肯定不会有好结果的。王世充也是这么想的，他早就怀疑了秦琼和程咬金，直到有一天，他发现秦琼和程咬金背叛了他，投奔了李渊。
