其一，李太后确实欣赏张居正，认为其有能力又忠心，才会让他帮助自己辅佐万历。但是说句难听的，张居正在李太后心中，只不过是一位臣子，最多就是一位能干且忠心的臣子。如今万历的皇位也坐稳了，像张居正这样的大臣，已经可有可无了，所以就算万历清算他，也没必要阻止。
其二，张居正掌控国政这么多年，虽然为明朝做出很多贡献，但他位高权重，朝中必定有不少人追随他，形成属于张居正的势力集团。这对于皇帝来说，肯定是危险的。既然张居正已经去世，那么万历就要加强皇权，打击其势力集团。这时清算张居正，正好杀鸡儆猴。李太后不会不明白这个道理，所以她没必要妨碍儿子加强皇权。
其三，基于前面两个原因，李太后已经没理由出面阻止了。再说她不出面还好，如果出面的话，大家反而会感到奇怪。因为万历清算张居正，是给出了"罪状"的，并且以示天下。可李太后阻止的话，那大家或许会想，太后为何会帮一个"罪人"，难道两人之间有不可告人的秘密吗？
因此，不管怎么说，李太后都没有阻止的理由。对于她来说，最重要的当然是自己的儿子，既然清算张居正，对万历皇帝，甚至是明朝都有好处，她又为什么要阻止呢？
（参考文献《明史》《明实录》）
