针对刘裕杀死晋恭帝司马德文一事，胡三省《资质通鉴音注》中评价："自是之后，禅让之君，罕得全矣"。从此之后，禅让之君几乎难以保全性命。刘裕虽然雄才大略，但是他的后代却是一代不如一代，宋文帝刘义隆北伐变成了"元嘉草草，封狼居胥，赢得仓皇北顾"，不过政治上总算还是有所作为，但是其后即位的宋武帝等皇帝却是荒诞不经。年刘宋大将萧道成击杀后废帝刘昱，立刘准为帝，也就是宋顺帝。然而萧道成册立刘准为帝不过是一个过渡阶段而已，他要为自己称帝争取时间。两年之后萧道成受到宋顺帝"禅让"登基建号，也就是南朝齐。萧道成派遣部将王敬则率兵入宫，刘准惊恐万分道："欲杀我乎？"王敬则表示不过是让他换一间宫殿住而已，然而刘准已经听出了弦外之意，泪流满面道："只愿来世不再托生帝王家。"萧道成过去没多长时间，就命人暗杀了刘准，刘宋皇室几乎被萧道成赶尽杀绝。或许萧道成下手之前会想到刘裕，而刘准被杀之前也会想到自己的这位祖宗，要不是他开了先河，刘准说不定还能保住性命。
刘裕之所以屠杀司马皇族自然不是那么简单，实际上是他饱含深意做出的决定。魏晋南北朝以门阀士族为尊，当时比较著名的士族有陇西李氏、赵郡李氏、太原王氏、琅琊王氏、弘农杨氏、陈郡谢氏、清河崔氏等等。而在这些士族当中则是涌现出了许多人才，比如曾经造反的王敦，率领八万晋军取得淝水之战胜利的谢安，他们之所以能够执掌大权靠的并非是杰出的个人能力，而是出身的门阀士族。东晋王室偏安，因此世家大族实际上与皇帝共掌政权，所谓的"王与马，共天下"，"谢与马，共天下"也就是这个道理。而刘裕是什么人？往好听了说，他是汉朝后裔，往难听了说就是个寒门贱人。
刘裕的父亲刘翘不过是个低级官员，工资勉强可以养家糊口，以至于刘裕不得不"织席贩履"来维持生活。然而偏偏就是这么一个出身寒门的刘裕，却偏偏登上了晋王朝政治权力的最高舞台，主宰着整个东晋王朝。但是别看刘裕权高位重，实际上当时的世家大族却是根本看不起刘裕，甚至暗中准备反对刘裕，因为刘裕打破了规则，世家大族才应该掌握政权，寒门就老老实实的做贱民好了。此时留着司马德文等晋朝王室，万一有世家大族想要拥立晋朝王室复位怎么办？新莽年间的起义军不就是这么干的么？因此刘裕干脆下令将司马皇族斩尽杀绝，如此一来世家大族想拥立皇帝也没有了人选。
自从陈群对魏文帝曹丕提出九品中正制以来，中国的权力便几乎操持在世家大族手中，但是自从刘裕代晋称帝以来，却是打破了这一局势，形成了"寒人掌机要"的局面，刘裕麾下的文武诸臣，比如心腹刘穆之，多为寒门出身。刘裕斩杀司马德文的用意便在于此：那就是他要改天换地，彻底开启寒门掌权的新时代！司马德文一死，刘裕用屠杀手段血腥的震慑了高门大户，与此同时又消灭了他们反对自己的武器，虽然手段稍嫌粗暴，但不能不说是有效的招数。对于刘裕屠杀司马皇族一事，在后世的确引起了不良影响，导致每一次改朝换代都要伴随着腥风血雨。但其实这并非是刘裕的本来意愿，刘裕之所以斩尽杀绝便是为了能够打破这种世家大族把持政权的局面，此后在南北朝数百年之间，寒门之中能人辈出。虽然刘裕此举从大局来说没有对错，但是也给自己的后人留下了祸患。
