朱元璋父母死于元至正四年(1344年)四月，然而当时的朱元璋因为家里贫穷，早早地将父母安葬。后来，朱元璋成为吴王就开始为自己父母重修陵墓。
明皇陵初建于元至正二十六年（1366年），命故臣汪文等赴濠州（今安徽省凤阳县）修缮父母陵寝。在明皇陵的营建过程中，朱元璋先后三次前往谒陵，并一再命太子及诸王前往凤阳祀陵。
之后的历代明代皇帝国家有大事都要到这里祭祀，之后的皇帝进行修缮。明崇祯八年（1635年）正月，张献忠起义军攻占凤阳，火烧皇陵，享殿等建筑被付之一炬，还将陵墓上的树木全部点燃，起义军之后明皇陵一片狼藉，崇祯皇帝还为此下罪己诏。
清朝时期和之后的抗日时期都遭到了不一般的破坏，如今看到的都是经过修缮过的。
