万历表面上一直对张居正信任有加，可实际上心里早就有了疙瘩。万历皇帝18岁的时候，因为醉酒调戏了一个宫女，太监冯保因此跟太后高密，结果害的万历皇帝差点丢了帝位。在这期间，李太后曾让让人把张居正找来，让他代替皇帝写“罪己诏”，还让皇帝在慈宁宫前跪了6个小时。因为这件事，万历皇帝一直都对张居正和冯保太监怀恨在心，他一直想撇开张居正，只不过因为自己年龄，还有太后的压制不敢过度的表现出来而已。
公元1578年，万历皇帝大婚，其母亲李太后按照惯例返回慈宁宫，临行前再三叮嘱张居正，让他牢记先帝托付好好照顾皇帝。李太后离开后，逐渐淡出了明朝的政治舞台，对万历皇帝的管理也松懈了下来，所以张居正去世的时候，皇帝才敢这么大张旗鼓发泄自己的不满情绪。除了张居正之外，之前被皇帝同时记恨的太监冯保，也遭到了严厉的惩罚，他被皇帝赶到了南京孝陵种菜，还被查封了所有家产。
需要注意的是，张居正尽管对明朝有很大的贡献，但他并不是完美无缺的圣人。相反在一些明朝官员眼里，张居正更像是一个贪恋富贵的权臣。张居正成为刚成为万历首辅的时候，为了保证自己的改革顺利实施，极尽所能的讨好大宦官的冯保，对后者贪污腐败的行为，不仅没有弹劾责问，甚至还主动送过去了不少宝物。冯保花费巨款给自己建立生祠的时候，张居正专门写了一篇《司礼监秉笔太监冯公预作寿藏记》，给冯保歌功颂德。
公元1577年，张居正父亲去世，依照惯例他本应该回家守制二十七个月，然后再出来起复做官。这时候张居正的改革才刚刚开始，一旦回家很可能会前功尽弃，于是他做出了“夺情”的选择，拒绝回家为父亲守丧。张居正因此遭到了其他官员的口诛笔伐的，直到最后朝廷下达严令，再及张居正夺情者，诛无赦，这场风波才逐渐停止。
