不过，当时满人跟汉人想要担任陕甘总督这一职位，选择的途径有很大不同。汉人以科举为主；而旗人是从负责处理文书档案，或者当侍卫起步，就有了被提拔的机会。
但是，到了清朝后期，随着八旗官员自身武艺废弛，内部崇尚科考的人愈来愈多。所以，后来满人中，也出现不少以科考出仕担任陕甘总督的。
从清代历朝曾任过此职的官员中，可以发现许多后世熟知的名人、名将，诸如： 年羹尧、 岳钟琪、刘统勋、福康安、邓廷桢、林则徐、琦善、 左宗棠、 曾国荃等，其中年羹尧、左宗棠曾威名天下。
在清代史料记载中，首任三边总督名叫王文奎，但他未到职，由孟乔芳代理。
孟乔芳原为明朝军中副将，后因罪罢职归乡。天聪四年（1630年）降清，仍为副将。后随清军返回辽东，累封至汉军梅勒额真，隶属汉军镶红旗。清军入关后，改封刑部左侍郎。
顺治二年（1645年），孟乔芳正式出任陕西三边总督。他任职七八年，先后扫平关中叛军，镇压了甘肃米喇印、丁国栋起义。后来晋封兵部尚书、三等阿思哈尼哈番，加太子太保。于顺治十年病逝，赐谥号忠毅。
曾任陕甘总督中知名度很高的，应是历经康熙雍正两朝的年大将军年羹尧。
年羹尧不到30岁便升任四川巡抚，在稳定西南边陲的多次征战中屡立战功。康熙六十年（1721年），年羹尧进京入觐，得御赐弓矢，擢升为川陕总督，之后他统兵成平定青海郭罗克地方叛乱，被康熙帝加封为抚远大将军。
雍正继位之初，十四阿哥胤禵被召回京奔丧，年羹尧受命与管理抚远大将军印信的辅国公延信共同执掌军务。雍正元年五月，雍正帝发出上谕："若有调遣军兵、动用粮饷之处，著边防办饷大臣及川陕、云南督抚提镇等，俱照年羹尧办理。"由此，年羹尧遂总揽西部一切事务，权势列在辅国公延信和其他总督之上。
雍正元年十月，雍正命年羹尧以川陕总督身份兼任抚远大将军。
随后不久，年羹尧平定青海战事成功，令雍正喜出望外。在此之前，年羹尧已经先后受封三等公和二等公。此次又因出奇制胜，被晋升为一等公。成为威镇西北，又可参与云南政务的朝廷要员。
