此后几年，李建成留守在了唐朝的后方，防御突厥以及其他的游牧民族，在李世民征讨王世充的时候，李建成击退了突厥和稽胡酋帅刘仚等势力大小数十波进攻，避免了唐王朝被外患入侵，可以说太子的所作所为，一点都不亚于李世民的功绩。
622年，刘黑闼被李世民击败后逃亡突厥，当时魏征依然是李建成的幕僚，考虑到李建成虽然是嫡长子，但是功绩不如李世民，他建议李建成去请战立功，十二月，李建成于魏州大获全胜，擒斩刘黑闼，平定山东。
不过后期的李建成，主要是以防御守国门为主，而秦王李世民在多次率军征讨后，部队很多人实际上已经成为了他的附属，这也就为后来的夺门之变埋下了伏笔。626年，秦王将领设下埋伏，一箭射杀了李建成，并且为了永除后患，李建成的五个儿子也全部被杀，惨遭灭门。
