与此同时，随着吐蕃对外扩张的步伐被迫停止，吐蕃也丧失了转移国内矛盾的最好方法，国内矛盾开始激化，吐蕃境内的百姓和附属国开始对吐蕃统治者加在自己身上的负担感到不满，甚至公开反抗，为了镇压反抗，吐蕃统治者只能维持大批军队。这样就陷入了一个死循环，征兵→反抗→征兵→反抗……
以上种种，连赤松德赞这位身经百战的老赞普都处理不好，那么对于牟尼赞赞普这位能力和威望都不如赤松德赞的新赞普来说就更是强人所难了。此外，赤松德赞除了给牟尼赞留下了个烂摊子之外，还做了一件事直接使得牟尼赞与自己的生母也就是赤松德赞的赞蒙--蔡邦氏梅脱仲彻底决裂。
赤松德赞在退位之前，担心自己的侧妃波雍·结莫尊会因为自己的退位而遭到蔡邦妃的反攻倒算，为了保护自己这位''生母转世''的妃子，于是赤松德赞在正式退位的前一年，也就是公元796年，亲自做主将波雍妃嫁给了牟尼赞，在完成这一切后，赤松德赞才正式宣布退位，放心的去修佛了。但是赤松德赞没有想到的是，他的这一行为只会更加激怒蔡邦妃，也使得牟尼赞赞普在政治上失去了舅氏家族的支持。
牟尼赞赞普即位后没多久，其父赤松德赞便离奇去世。随后在关于以何种形式来祭祀赤松德赞的问题上，朝中苯教势力和佛教势力爆发了第一次的公开冲突，苯教一方要求遵奉王室传统以苯教的仪式来祭祀，佛教一方则要求尊重赞普信仰以佛教的仪式来祭祀，双方互不相让，最后争论到牟尼赞赞普面前，由其来决定选择何种仪式来祭祀赤松德赞。到这里答案已经很明显，要知道，当初赤松德赞选择由牟尼赞赞普来即位的一个重要原因就是他也信奉佛教，果然牟尼赞赞普最终决定采用佛教仪式来祭祀赤松德赞。
