不过朱灵虽然战功卓著，深得曹操父子信任，但不知何故，曹操常常又对朱灵恼恨不已（或因朱灵性格耿直，常常顶撞曹操；或因朱灵本非曹操嫡系，后者终究对他不放心），每每想削夺他的兵权，但屡屡因战事方殷作罢。
等到天下稍定后，曹操便让于禁收取朱灵的兵权。于禁以治军严整闻名，诸将都很忌惮，所以等到他到达朱灵大营后，朱灵及其部众因畏惧其名，丝毫不敢抗命，乖乖地配合完成部队整编任务。
于禁奉命夺取朱灵的兵权，后者不敢违抗
太祖常恨朱灵，欲夺其营。以禁有威重，遣禁将数十骑，赍令书，径诣灵营夺其军，灵及其部众莫敢动；乃以灵为禁部下督，众皆震服，其见惮如此。引文同上
朱灵卒年不详，或薨逝于魏明帝时期，谥号为威。朱灵病逝后，享武帝曹操庙庭，与夏侯惇、曹仁、郭嘉、司马懿等26人并列，可谓功成名就、千古流芳。
