10年过后,也就是在康熙三十八(1699年)正月,康熙开始了第3次南巡。
到了南京以后,康熙第三次为朱元璋扫墓,也就是在这一次扫墓时,其命手下在朱元璋的墓前立了一座"治隆唐宋"的石碑,意思是说"朱元璋治理的明朝比肩盛世唐朝和宋朝"。这是对朱元璋很高的评价,康熙有点英雄惜英雄的意思。史料记载,康熙感动的江南百姓嚎啕大哭。
好像是受到某种启发,三年过后,康熙进行了第四次南巡。
康熙四十一年(1702年),康熙第4次南巡行进到德州后,由于皇太子病重折回去了,不过他还是命大学士马齐代他祭扫了明孝陵。