内阁和司礼监形成了明朝政治的新格局，从名义上来说，内阁并不是一个正式机构，内阁无权管理内阁，但在实际运作中，内阁已经凌驾于六部之上。按照《明史》的记载："明制,六部分莅天下事,内阁不得侵。至严嵩,始阴挠部权,迨张居正时,部权尽归内阁,逡巡请事如属吏,祖制由此变。"原本属于六部的权力，被内阁侵蚀大半，出现了"凡百政事，非下部必不可行，不能行"的情况，例如兵部的调兵权、工部的营造权、户部的度支权等等。从六部尚书改任内阁大学士属于升迁，因为进入了决策最高层。
一些观点认为内阁大学士是唐宋宰相群体的延续，其实这个说法并不完全政权。对于明朝的内阁大学士，史料评价为："虽无相名，实有相职，既有相职，却无相权，既无相权，却有相实。"明朝历史文献记载："人尝谓辅臣（内阁大臣）拟旨，几于擅国柄，乃大不然。见其所拟，帝一一省揽审定。有不留数字者，虽全当帝心，亦必更易数字，以示明断。有不符意，则驳使更拟；再不符意，谯让随之矣。故阁臣无不惴惴惧者。"
所以说，内阁大学士并不属于宰相或者丞相，而是明朝皇权独大框架下出现的特殊产物。在六部中，吏部掌握人事考核和任免的权力，属于六部中硕果仅存者。其他五部，权力都被侵蚀严重。京城的中低级官员们，见到高级官员，一般拱手施礼，但见到内阁大学士和吏部尚书，则是下跪请安。在日常的称呼中，官员们称呼内阁大学士为"阁老。"内阁大学士总计有5位，但内阁大学士内部并不和睦。
在5位内阁大学士中，大部分权力都集中在首辅的手里，至于其他的内阁大学士，空有"阁老"的名号，在实际权力方面，不一定能够比吏部尚书强。为了夺取首辅地位，阁老们相互争斗不断，史料记载："嘉靖以来之首辅，莫不由倾轧排挤而得之。"嘉靖、隆庆、万历三朝，属于内阁的辉煌时期。到了明朝统治的末期，天启皇帝在位时期，阉党的势力迅速扩大，以魏忠贤为首的宦官集团，完全压制了包括内阁在内的文官集团。
进入崇祯皇帝在位时期，崇祯皇帝朱由检是一个喜欢亲力亲为的人，在这样的情况下，内阁的权力开始缩小。清朝入关以后，虽然保留了内阁大学士制度，但已经成为赏赐官员的虚职。如果一位高官仅仅拥有内阁大学士的头衔，而没有军机大臣的头衔，基本上属于位高权低的荣誉型官员。曾国藩、左宗棠等重臣，得到了协办大学士的头衔，但仍然不能进入军机处，这是明清两朝大学士最大的差别。
