根据计算，朱元璋每天需要工作12个小时以上。繁杂的政务让朱元璋不堪重负，在这样的环境下，朱元璋建立了内阁大学士制度。内阁大学士分为：华盖殿大学士、谨身殿大学士、武英殿大学士、文渊阁大学士和东阁大学士。大学士仅仅是五品官，充当皇帝的顾问和秘书，帮助皇帝整理文件，处理无关紧要的琐碎事务等等。由于朝廷撤销了丞相制度，六部尚书从正三品晋升为正二品，并且直接向皇帝负责。在这一阶段，内阁的地位远远不如六部。
燕王朱棣造反成功以后，自己成为了皇帝，但缺乏处理政务的耐心和能力。从朱棣在位时期，内阁的地位开始提高，虽然仍不如六部，但毕竟出现了重大变化。到了明仁宗、明宣宗在位时期，内阁大学士们已经开始帮助皇帝处理公文。当然，需要皇帝进行朱批和认可。由此可见，此时内阁已经开始慢慢超越六部。在明英宗朱祁镇之后，由于明宪宗、明武宗几代皇帝的怠政。
内阁大学士们开始负责朝廷的日常事务和公文的起草，皇帝疏于政务，但又不能让内阁一家独大。为了制衡内阁，司礼监的太监们拥有了批红的权力，也就是替皇帝在奏折上进行批阅。这就形成了内阁"票拟"、司礼监批红的模式，截止明朝嘉靖皇帝在位时期，内阁制度和司礼监制度已经基本确实。内阁分为首辅、次辅和群辅，司礼监分为掌印太监和秉笔太监。
