无论是曹魏的官制，还是蜀汉的官制，都基本脱胎于东汉的官制，魏蜀都自称自己是东汉的继承者。而东吴的官制和魏蜀皆有不同，魏国实行的是群体决策制，一个皇帝加一群重臣；蜀汉实行的是相臣决策制，首席执行官包揽朝政；东吴则是双头鹰的权力格局，孙氏主扬州（交州），陆氏主荆州。扬州（交州）和荆州名义都是孙权的地盘，但荆州实际上是陆逊的私有领地，荆州大小事务都是陆逊说了算。孙权也不敢和陆逊硬顶，他知道，没有陆逊就没有荆州的安全。用现在的话说，荆州是东吴的自治区。在东吴的行政编制上，实行的是强君弱相制度，东吴虽然设有丞相，但丞相一般只负责日常政务，东吴真正的掌柜还是孙权本人。无论是孙邵还是顾雍，他们都不具备诸葛亮那样的权力。如果说诸葛亮是蜀汉首席执行官，那顾雍等人只是孙权聘用的经理，凡事要听老板的。
东吴也有三公，但东吴三公时有时无，而且东吴三公多是荣誉性职务，没有实权，比如孙皓时期的太尉范慎、司徒丁固、司空孟仁。倒是太傅诸葛恪手抓东吴军政大权，不过诸葛恪真正的身份是大将军，身兼太傅而已。从整个东吴行政编制来看，东吴丞相是没有什么实权的，倒是东吴的武官系统，则基本上可以视作真宰相。且不说坐镇荆州的上大将军陆逊是东吴的二号位，再看看其他武官，比如继任的上大将军吕岱，大将军诸葛瑾、左大司马朱然、右大司马全琮，这些人才是东吴权力层的核心人物，丞相倒成了花瓶。
东吴的尚书台建设是三国中最不完善的，尚书台的最高长官是尚书令，可东吴的尚书令居然是由九卿之一的太常兼任的。东吴的尚书台只有四个分曹：选曹、户曹、左曹、贼曹，下面的尚书郎设置不详。不但尚书台有名无实，就是百官象征的九卿，东吴也是丢三落四的。在孙权时代，九卿从来没有设齐过。东吴早期只有六卿，直到吴景帝孙休永安二年（公元259年）三月，才将九卿凑齐。
