两年后，随着清兵攻破南京，南明的弘光帝被俘。这一下南明帝王就空缺出来了，在郑芝龙、黄道周等人的拥立下，朱聿键继承了南明帝位，史称：隆武帝。
当上皇帝后的朱聿键，立刻就发下了复国誓言。在诏书中坦然承认，"三十年来，久不见恤民之实政矣……致我百姓，苦极无告"，这既是一份罪己诏，同时也代表了朱聿键对大明之所以失败的反省。
果然，朱聿键说到做到，不但生活简朴，把钱都用在兵士身上，且还一改之前的策略，跟李自成的余部取得联络。不久后，他重用李自成的侄子李过等人，将李自成余部改编为忠贞营。此举奠定了此后，南明二十多年的抗清根基。从此当年的反明义军，成了抗清的主力。
这个政策，是相当有远见的。比如张献忠死前，就命自己的养子李定国等人，突围出去后，去辅佐南明政权，继续对抗清兵。
