袁崇焕当年因为在御前向崇祯皇帝打了包票，宣称5年内就能够收复全辽，获得了崇祯皇帝的极大信任，于是获封督军、右副都御史，兼有督军和御史的职权，又是带着钦命"优诏答覆"的，如此大的权力必须有尚方宝剑镇住，否则到了部队、地方，一些武将或要员会不卖袁崇焕的账的，因此崇祯皇帝才赐袁崇焕尚方宝剑，给予了他巨大的信任。
袁崇焕拿到尚方宝剑第一件事情便是以"十二条罪状"的罪名将毛文龙当着其部下的面，一刀正法了。一个边关大将，就这么被斩杀了。而崇祯得知毛文龙被杀一事后，肯定了袁崇焕"卿能周虑猝图声罪正法"，并强调此事关乎封疆安危，阃外原不中制，让袁崇焕遵照敕谕行，仍听相机行。彼时，崇祯皇帝还是信任和倚重袁崇焕的，但是他完全没有意识到命运的蝴蝶正在扇动翅膀。
毛文龙被杀后，虽然袁崇焕上书崇祯言到"毛文龙为大将，非我可擅杀，故谨席橐待罪"，相当于承认了错误，也得到了崇祯的原谅，但是毛文龙的部下却心有不服。其中毛文龙的部下孔有德、耿仲明、尚可喜后来纷纷投清军了，分别被封为恭顺王、怀顺王和智顺王,当时这三位汉王被称之为"三顺王"，三人后来成为了清军南下的急先锋。尤其是孔有德的投降给后金提供了战船、大炮和手工匠人，皇太极亲率诸贝勒出城迎接，并施以"抱见礼"。从此后金有了当初给他们造成重大威胁的红夷大炮，从此也就不怕攻城战了，一路南下，攻城拔寨不在话下。可见袁崇焕这一刀斩了毛文龙，却误了大明啊！若知后事的崇祯肯定悔不该赐袁崇焕尚方宝剑。
