盟旗制度是清朝根据蒙古的实际情况制定的管理制度，在一定程度上限制了蒙古部落之间的交流，有利于牧业的发展和社会的安定。同时由盟长监督各旗，也杜绝了个别部落通过兼并其他部落而做大，有利于朝的统治。并且此项制度最大限度的保持了蒙古的民族传统，又建立起了有效的地方管理组织，加强了清朝中央对蒙古的控制，可以说是一种蒙古族化的"郡县制"。
四、推行喇嘛教
清朝在蒙古大力推行喇嘛教，在精神上麻痹蒙古的上层贵族。并且每年清朝对蒙古上层贵族都有大量的赏赐，在物质上也腐化了上层的蒙古贵族。在精神和物质的双重作用下，使他们逐渐丧失了进取之心。
五、外部压力
清朝建立之初，来自欧洲的俄罗斯帝国已经把触角伸到了远东地区，他对土地的渴望一直使他处在不断的扩张之中。从清朝建立之初一直到康熙年间，俄罗斯不断向南方蚕食蒙古各部的土地，并且其军事力量庞大，给蒙古各部非常大的压力，这也导致了部分蒙古部落决定归附清朝的一个重要原因。
