两年后，又爆发"吴桥兵变"，辽东的一些海岛驻军也参加了这场叛乱。黄龙派尚可喜等人"抚定诸岛"。后来，孔有德率军航海，打算投降后金。黄龙派尚可喜等人率军截杀，杀死活捉孔军及家属多达四五千人。之后，尚可喜被封为副将，率军驻守广鹿岛。
不过孔有德还是归降了后金，他立即献策攻打旅顺。在旅顺之战中，后金在孔有德帮助下，顺利占领旅顺。当时尚可喜的妻小、家丁全都在旅顺，结果数百人全部被杀。按理说，尚可喜和后金有着不共戴天之仇，那么他为何在一年后，就投降了后金呢？
原来在旅顺之战中，总兵黄龙战死，总兵之职就由沈世魁接任，他原本就与尚可喜的关系很差。此时沈世魁的部将又诬陷尚可喜，"构可喜，诬以罪"。于是，沈世魁下令征召尚可喜到皮岛，其实就打算将其害死。当尚可喜抵达长山岛时，大风骤起，指的暂时停留。
