"国本之争"，实际上就是支持庶长子朱常洛的群臣和支持郑贵妃所生的皇三子朱常洵的斗争。万历为此先后罢黜四位首辅，牵连三百多名高官，鞭笞、廷杖、罢免、流放一百多名官员，依旧输得掉了这场斗争，无奈让朱常洛当了太子。
此事让万历意识到，自己看似强大的权力，在庞大的帝国系统中，还是微不足道的。他选择了不合作，躲进宫中，从此长达二十多年都不上朝理政。此外，他对于郑贵妃母子，始终抱着一分愧疚之心，尤其是对于自己心爱的女人，他始终觉得没有足够疼爱怜惜。
在他驾崩之前，他是想让这位宠了四十年的妃子陪伴自己。但是，他知道，群臣还是会以当年李贵妃的借口来搪塞自己。他的原配王皇后在早几个月前才去世，这给了他一个极大的机会。因此，万历在遗诏中写明，封郑贵妃为皇后，并且等到她百年之后，与自己合葬。
