但李自成没有在北京城站稳脚跟，因没能顺利招抚明朝宁远总兵吴三桂和山海关总兵高第，李自成于四月十三日亲率大军前往山海关剿灭吴三桂和高第，四月二十二日，李自成率领的大顺军精锐败于吴三桂和清军的联手之下，随即逃回北京，四月二十九日，李自成在北京城内举行了第二次登基仪式，第二天，即四月三十日，李自成就退出北京，逃往西安。
从上面的叙述中可以知道，李自成自从崇祯十六年一月正式建立政权后，到退出北京城，这一年多时间里，三次建立政权，一次是在湖北，一次在西安，一次是在北京，其中两次登基称帝，到南明弘光元年（公元1645年，清顺治二年）三月，李自成在九宫山被地方武装干掉时为止，他其实做了整整十四个月的皇帝。
而部分人认为的，李自成只做了42天皇帝，是一种误解，是从李自成进入北京城（三月十九日）到全面退出北京城（四月三十日）算起的时间，正好是42天，或许，在很多人眼中，占据了北京城这个明朝的首都，才算是取代了新朝，才是可以承认的政权，李自成自己大概也是这么认为的，因此，他才在山海关一战败北后，还坚持在北京城内又搞了一次登基仪式。
