但是也就是在这样关键的一个战略时期之内，以洪秀全为首的太平天国内部却出现了重大的问题。当时的太平天国的核心人物大部分眼见太平军取得了如此重大的胜利，都欣喜若狂，马上着急享乐，洪秀全更是直接宣布定南京为天京，成为太平天国的都城。并且积极的开始分封诸王，大兴土木兴建宫殿，俨然一副天下大势已定的样子。
接下来就是天朝内部核心人物之间的矛盾开始日益凸显，随着东王杨秀清的被杀，太平天国内部的矛盾也开始被无限的扩大化，内部因为制度等很多方面的不平等不合理，也开始出现诸多的矛盾和问题，随之太平天国的进攻锋芒也开始出现重大的问题。这无疑给了清朝宝贵的喘息时机，可以调集更多的军队。做更详细的战略部署以对付太平天国，而等到清朝真正的回过神来以后太平天国早就已经彻底失去了完全消灭清朝的时机了。
而最终在清王朝的全力打击之下，太平天国运动由极盛转为极衰，并最终被清朝彻底的铲除，轰轰烈烈的太平天国运动自此也开始退出了历史的舞台。
